Ogrenci Sunuculari
Acik Ogrenci Webinarlari
Ogrenci liderliginde arastirma sunumlari ve tartismalar
Webinarlar
Dünyanın dört bir yanından uzmanların katıldığı, herkese açık konuşmalar ve seminerler.
Dr. Elisa Frezza
Farklı hesaplama yaklaşımları kullanılarak RNA ve Protein-RNA komplekslerinin modellenmesi
Dr. Elisa Frezza, RNA yapılarını ve protein-RNA etkileşimlerini modellemek için hesaplamalı stratejileri ele almakta; moleküler dinamik simülasyonları, normal mod analizi ve kaba taneli yöntemleri kapsamaktadır.
Lynn Kamerlin
Konformasyonel Dinamikler ve Yeni Enzimlerin Ortaya Çıkışı
Enzimlerin konformasyonel dinamikleri ve yeni enzimatik işlevlerin evrimsel ortaya çıkışı üzerine hesaplamalı ve teorik yaklaşımlar.
Antoine van Kampen
ENCORE: Hesaplamalı Araştırmaların Tekrarlanabilirliğini ve Şeffaflığını Artırmak için Pratik Bir Uygulama
ENCORE uygulamasının pratik kullanımını kapsayan bir webinar; hesaplamalı araştırmalarda tekrarlanabilirliği ve şeffaflığı artırmaya yönelik yöntemler.
Evangelia Petsalaki
EMBL-EBI'den Evangelia Petsalaki ile İnsan Bağlamına Özgü Hücre Sinyallemesini İncelemek için Ağ Tabanlı Yaklaşımlar
Omiks veri setlerinden aktif ağ imzaları çıkarmak ve koşula özgü sinyalleşme ağlarını incelemek için ağ tabanlı yöntemler; CEN-tools ile gen esansiyelliğinin bağlama özgü analizi.
Alexandre M.J.J. Bonvin
Biomoleküler Etkileşimlerin 3D Bulmacalarını Bütünleştirici Modelleme ile Çözmek
HADDOCK yazılımı etrafındaki son gelişmelerin vurgulandığı konuşma: biyomoleküler kompleks yapı tahmininde bütünleştirici modellemenin önemi ve yalnızca dizilimden antikor-antijen etkileşimlerinin modellenmesi.
Savaş Tay
Tek Hücreli Proteomiği Kullanarak Sinyal Ağlarını Anlamak
Mikroakışkan canlı hücre görüntüleme ve Prox-seq teknolojisiyle NF-κB bağışıklık yolunun karmaşık sinyalleri nasıl işlediğini anlamak; tek hücre dinamiklerinin gen ekspresyonu üzerindeki etkisi.
Tunca Doğan
(Biyo)moleküler Temsil, Özellik Tahmini ve Tasarım için Yapay Zeka Odaklı Yaklaşımlar
Heterojen biyomedikal verilerin entegrasyonu, proteinlerin işlevsel özelliklerinin tahmini ve yeni ilaç adaylarının keşfi/tasarımı için makine öğrenmesi ve derin öğrenme tabanlı yaklaşımlar.
Saliha Ece Acuner Zorluuysal
İnsan GDP Bağlı RhoGTPazlar Üzerinde Clostridial Toksin B'nin Seçici Glukoziltransferaz Aktivitesi
TcdB proteininin insan Rho GTPazları (Cdc42 ve Rac1) ile seçici etkileşiminin moleküler mekanizması; yapısal, dinamik ve transkriptomik yaklaşımlar.
Alper Yılmaz
Biyoinformatik Analiz için Linux Terminalinin Gücü
Büyük, karmaşık ve çeşitli biyolojik veri setlerini etkili bir şekilde yönetmek ve analiz etmek için linux terminalinin önemi üzerine bir webinar.
Dr. Ömer Ali Bayraktar
Uzamsal Transkriptomik Kullanarak İnsan Dokusu Mimarisini ve Patolojisini Haritalamak
Dr. Bayraktar, uzamsal transkriptomik verilerde ince taneli hücre tiplerini çözmek için bir Bayesian modeli olan cell2location'ı ve glioblastomadaki tümör dokusu mimarisini haritalamak için çok modlu bir genomik yaklaşım olan GBM-space'i sunuyor.
Dr. Ayesha Fatima
İlaç Tasarımı İçin Hastalık Mekanizmalarının Anlaşılması
Biyoinformatik araçlarının hastalık matematiksel modellerinin oluşturulmasındaki rolü ve bütünsel sistemlere dayalı rasyonel ilaç tasarımına uygulamaları.
Serbülent Ünsal
Dil Modelleri Proteinlerin Karmaşık Fonksiyonel Özelliklerini Öğrenebilir
23 protein temsil yönteminin karşılaştırmalı değerlendirmesi ve proteinlerin işlevsel özelliklerini tahmin etmek için derin öğrenme tabanlı yaklaşımların üstünlüklerinin incelenmesi.
Yaron Orenstein
Protein-RNA Etkileşimlerindeki Hesaplamalı Zorluklar
Protein-RNA etkileşimlerini verimli ölçmek ve tahmin etmek için yeni yöntemler: DeCoDe (yüksek verimli deney tasarımı) ve DeepUTR (mRNA yıkım dinamiklerinin tahmini).
Özge Gizlenci
Yeni Tam Uzunlukta Transkriptom Analiz İş Akışı 'Nexons' ile İnsan Germinal Merkez B Hücrelerinde Ekson Dizilim Faktörlerindeki Zehirli Eksonların Düzenlemesini Ortaya Çıkarmak
ONT uzun okuma teknolojisi ve 'Nexons' iş akışı kullanılarak insan germinal merkez B hücrelerinde ekson dizilim faktörlerinin zehirli eksonlarının düzenlenmesinin ortaya çıkarılması.
Afshan Nabi
Derin Öğrenme Eğitim Dinamiklerini Kullanarak Kodlama LncRNA'larını Keşfetme
Yanlış tanımlanmış lncRNA'ları tespit etmek için derin öğrenme modellerinin eğitim dinamiklerinden yararlanan bir çerçeve — ribo-seq deneylerine gerek duymadan >%91 AUC başarısı.
Mehmet Ergüven
Kinase Mutasyonları Nedeniyle Ortaya Çıkan İlaç Direncinin Hızlı Tahmininden Ne Kadar Uzağız?
Altı web tabanlı puanlama aracının kinaz mutasyonlarının inhibitörleriyle etkileşimleri üzerindeki etkisini değerlendirmedeki performanslarının karşılaştırması; yeni BINDKIN kıyas ölçütü kullanılarak.
Barış Ekim
Minimizer-Uzay De Bruijn Grafikleri
Barış Ekim, minimizer-uzay dizileme veri analizini (mdBG) tanıtıyor: mevcut yöntemlere kıyasla genom birleştirmede hız ve bellek kullanımında büyük ölçüde iyileşme sağlayan yeni bir yaklaşım.
Hatice Ülkü Osmanbeyoğlu
Tahmine Dayalı Hücreye Özgü Gen Düzenleyici Modeller
SPaRTAN — CITE-seq veri setlerini kullanarak hücre yüzey reseptörlerini transkripsiyon faktörleriyle ilişkilendiren bir hesaplamalı yöntem; tümör infiltre eden CD8+ T hücrelerindeki sinyalleşme durumlarını tahmin etmek için uygulandı.
Dr. Gülşah Merve Kılınç
Kuzeydoğu Asya'daki Geçmiş İnsan Popülasyonlarının Paleogenomik Araştırması
Yakutya ve Baykal Gölü'nden 40 eski birey üzerinde yapılan antik DNA analizi; Paleolitik'ten Demir Çağı'na uzanan gen akışı olayları, Palaeo-Inuit ataları ve Yersinia pestis bulguları.
Reyhan Metin / Metehan Çelebi
Glikolitik Enzimlerde Türe Özgü Allosterik İlaç Tasarımı ve Moleküler Dinamik Simülasyonlarla Analiz
Glikolitik enzimlerin allosterik inhibisyonunu çeşitli analiz yöntemleriyle açıklamak için Kısıtlı Moleküler Dinamik simülasyon yönteminin kullanımı.
Çiğdem Gündüz Demir
Tıbbi Görüntü Analizi İçin Derin Öğrenme
Tıbbi görüntü analizinde segmentasyon görevleri için derin öğrenme tabanlı yoğun tahmin ağları; histopatolojik ve in vivo görüntüleme için özel ağ mimarileri ve kayıp fonksiyonları.
Özlen Konu
Kolinerjik Sinyallerin Kanser Biyolojisindeki Rolü
Kolinerjik sinyallerin kanser ilerlemesindeki rolüne dair in silico, in vitro ve in vivo bulgular; meme kanserinde CHRNA5'in rolü ve karaciğer kanseri için zebra balığı ksenograft modelleri.
Niranjan Nagarajan
Metagenomik Verileri Kullanarak Karmaşık Mikrobiyal Toplulukların Modellenmesi
Kesitsel mikrobiyom veri kümelerinden ekolojik etkileşim ağlarını çıkarmak için bir beklenti maksimizasyon algoritması (BEEM-Static); enterotip yapısını ve ekolojik dinamikleri ortaya koymak.
Mohammad Asif Khan
Viral Çeşitlilik Dinamiklerini Anlamak
Protein dizisi düzeyinde viral çeşitlilik dinamikleri ve virüslerin konakçı bağışıklık tepkisinden kaçma mekanizmaları; aşı tasarımına yönelik çıkarımlar.
Cansu Dinçer
CEN-tools: Esansiyel Genlerin Bağlamlarını Tanımlamak İçin Bütünleşik Bir Platform
CEN-tools sunum: büyük ölçekli CRISPR taramalarından gen esansiyalitesini doku tipi, mutasyon profilleri ve ilaç yanıt seviyeleri gibi biyolojik bağlamlarda sorgulayan web sitesi ve Python paketi.
Vidit Goyal
Derin Öğrenme CNN Kullanılarak Çeşitli Cilt Kanseri Türlerinin Erken Tespiti – Vidit Goyal
HAM10000 veri seti kullanılarak Melanoma, Dermatofibroma ve Benign Keratoz lezyonlarını tespit eden ve sınıflandıran Modifiye Inception ve MobileNet CNN modelleri ile cilt kanseri erken tespiti.
Begüm Serra Büyüktarakçı
Cinsiyet, Genler ve Diplomonadlar: Hexamita inflata'da Cinsiyete Bağlı Genlerin Evrimi – Begüm Serra Büyüktarakçı
Hexamita inflata'daki cinsiyetle ilişkili genlerin karşılaştırmalı filogenomik analizi, nükleer füzyon ve mayotik inter-homolog rekombinasyona dair kanıtlar.
Julien Y. Dutheil
Protein Yapısının Sekans Evrimi Üzerindeki Etkisi – Julien Y. Dutheil
Protein yapısının sekans evrimi üzerindeki etkisinin araştırılması; 3D protein yapıları boyunca adaptif mutasyonların dağılımı ve pozisyonlar arasındaki eş-evrim.
Bilgenur Baloğlu
Yeni Biyoinformatik Algoritması ASHURE Kullanılarak Nanopore Dizileme'de Metabarkodlarda Yoğunluğa Dayalı Kümeleme ve Hata Düzeltme – Bilgenur Baloğlu
Oxford Nanopore MinION ve döngüsel daire amplifikasyon protokolü kullanılarak tatlı su sahte topluluğunun %99'dan fazla dizi doğruluğuyla değerlendirildiği ASHURE Python pipeline'ı.
Hüseyin Cahit Burduroğlu
Türkiye'de COVID-19'un Seyrini Öngörmek: Olasılıksal Bir Modelleme Yaklaşımı – Hüseyin Cahit Burduroğlu
Türkiye'deki COVID-19 pandemisinin projeksiyonu için Bayesci negatif binom çok düzeyli model; önlemlere uyum devam ettiğinde salgın eğrisinin azaldığını gösteriyor.
Ergi Deniz Özsoy
Lewontin Paradoksu ve Düşündürdükleri – Ergi Deniz Özsoy
Lewontin Paradoksu'nun çözümüne işaret eden modern çalışmaların ve yaklaşımların özeti; klasik Hill-Robertson etkisi bağlamında "bağlantılı seçilim" sürecine vurgu yapılarak.
Kimberly Gilbert
Düşük Rekombinasyon Bölgelerinde Genetik Çeşitliliğin Etkenleri – Kimberly Gilbert
Çok lokuslu ilişkisel üstünlüğün (AOD) düşük rekombinasyon bölgelerindeki genetik çeşitliliği nasıl artırabileceğine dair teorik ve ampirik bir çalışma; insan genomunda 22 bu tür bölge tespit edilmiştir.
Nazlı S. Kara, Meltem Kutnu, Yasemin Utkueri, Funda Yılmaz, Elif Bozlak, Evrim Fer
INSaFLU ve Galaxyproject ile SARS-CoV-2 Varyantlarının Karşılaştırılması – RSG-Türkiye Aktif Üyeleri
RSG-Türkiye aktif üyeleri tarafından yürütülen çalışma: Galaxy Project ve INSaFLU iş akışları tarafından tanımlanan SARS-CoV-2 genomik varyantlarının karşılaştırmalı analizi.
Aylin Bircan
Türkiye'deki SARS-CoV-2 Genomlarının Filogenetik Analizi – Aylin Bircan
15.277 global SARS-CoV-2 genomu ile Türkiye'deki viral izolatların filogenetik analizi; virüsün raporlanan ilk vakadan önce ülkeye girdiğini ve çoklu bağımsız uluslararası giriş yollarını ortaya koyuyor.
Aashil A. Batavia
Tümör Profili Çıkarma Amaçlı Çoklu Omik Verilere Erişim – Aashil A. Batavia
TCGA deposuna erişim yolları ve renal hücre karsinomlarının çoklu omik değerlendirmesi için kullanılan araçların tanıtımı.
Seyit Kale
Bir In Silico Deneyi Olarak Moleküler Simülasyonlar
Moleküler simülasyonların in silico deney olarak nasıl düşünülebileceğine dair tarihsel ve fiziksel bir perspektif, yapısal biyoloji ve hesaplamalı biyofizik üzerine.
Nikolay Oskolkov
Yaşam Bilimlerinde Büyük Veriye Sahip Miyiz? – Nikolay Oskolkov
Yapay Sinir Ağları'nın Tek Hücre Genomiği, Mikroskopi Görüntüleme ve Genomik/Antik DNA araştırma alanlarına uygulamalarına genel bakış; yaşam bilimlerinde büyük verinin zorluklarını ele alıyor.
Ercüment Çiçek
Herkül: Makine Öğrenimi ile Uzun Okuma Hata Düzeltme Algoritması
Hercules — uzun okuma hata düzeltme için ilk makine öğrenimi algoritması; Gizli Markov Modelleri kullanarak mevcut yöntemlere kıyasla daha yüksek haritalama oranı elde ediyor.
Arif Harmancı
Yüksek Verimli Moleküler Veri Analizinin Yönleri
Genomiğin, transkriptomiğin ve epigenetiğin bireysel sağlığa nasıl yansıdığını anlama biçimimizi nasıl değiştirdiğine dair farklı boyutların gözden geçirilmesi ve yüksek verimli veri analizinin gelecekteki zorlukları.
Tunahan Çakır
Beyin Metabolizmasının Genom Ölçeğinde Modellenmesi ve Hastalıklara Uygulamaları
Beyin hücre metabolizması ve nörodejeneratif hastalıklar için reporter pathway tabanlı transkriptom veri haritalama; beyin metabolik ağlarının kısıt tabanlı modellemesi.
Ezgi Karaca
2018'in İlk Webinarı: Biyomoleküler Komplekslerin Bütünleştirici Modellemesi
2018'in ilk webinarı — Doç. Prof. Ezgi Karaca'nın yapısal biyoloji teknikleri, HADDOCK ve Nature Methods'ta yayınlanan bütünleştirici modelleme çalışması üzerine sunumu.
Aramanızla eşleşen webinar bulunamadı.