Topluluğumuzdan en son haberler, içgörüler ve güncellemeler
Bilgisayar algoritmaları kullanarak dakikalar içinde protein yapısını tahmin edebildiğimizi duymuşsunuzdur. Bu teknolojiler ortaya çıkmadan önce protein yapılarını tahmin etmek için laboratuvarda yıllar süren zahmetli çalışmalar gerekiyordu. Peki ne değişti de işimiz bu kadar kolaylaştı?
Biyoi(/e)nformatikle ilgili nerden/nasıl başlasam derdine çözüm sunmak için sadeleştirilmiş kaynak listesi. [ENG] Beginner friendly bioinformatics resources. Merhabalar,Yakın zamanda benden istenen tavsiye için kısaca derlediğim kaynakları paylaşacağım. Biyoinformatiğin veyahut yeni bir alana geçmenin en büyük sıkıntısı, nerden başlayacağını bil(e)memek olabilir. Özellikle çok fazla kaynak oluşmuşsa, bunu düşünürken bile insan yoruluyor.
Hepimizin bildiği üzere yaşam bilimleri, çok disiplinli bir yapıda. Bu büyük bilgi birikimi içerisinde yaşam bilimlerini bütüncül bir bakış açısıyla anlayabilmek önem arz ediyor. Diğer disiplinler hakkında bilgi sahibi olmak, bu bütüncül bakış açısına katkıda bulunacaktır.
Geçtiğimiz yazıda (bkz: Plot plot veri görselleştirme: Volkan Plot), verimiz kadar onun nasıl sunulduğunun veriyi ve hikayeyi doğru anlamak açısından ne kadar önemli olduğundan bahsetmiştim. Bunun yanı sıra, aynı yazının devamında bir arkadaşımın sorusu üzerine, Volkan Plot nasıl çizilir ve nasıl yorumlanır ile (kendi yüksek lisans tezimden figürle) bir örnek plot çizimi eklemiş ve ne
We continue with the tutorial posts regarding data visualization. The first post was about Volcano Plot and how to interpret (in Turkish). Today, I will share the modified version of one example(original codes are here) I’ve used recently while I was writing a literature review for my research proposal.
Molecular Docking, Newton dinamiklerini, termodinamiksel ve kimyasal hesaplamaları kullanarak iki molekülün (Reseptör-Ligand) kimyasal ve fiziksel özelliklerine bağlı olarak oluşturabileceği en stabil yapıyı bulabilmek için, yapısal biyoloji alanında çok sık kullanılan bir yöntemdir. Moleküler Kenetlenme, hücre içinde bulunan komplekslerin (protein-protein, protein-ligand protein-antibody) anlık bir görüntüsünü bilgisayar ortamında oluşturup inceleyebilmemize olanak sağlar. Bu çalışmalar ise ilaç geliştirme
Açı/Görüş “Gestalt: something that is made of many parts and yet is somehow more than or different from the combination of its parts”(0)- bir şey pek çok parçadan oluşsa da bütünün kendisi, bu parçaların birleşiminden fazlasını ifade eder. https://www.merriam-webster.com/dictionary/gestalt “Genomics, trancriptomics, proteomics, metabolomics…”, fakat nedir bu “-omics”?
Covid19 ile hiç duymamış olanların bile öğrendiği bir lab tekniği olan, moleküler bioyolojide yeni bir devir açan Nobelli teknik PCR (Polymerase Chain Reaction)’dan esinlenen bir method olarak kullandığımız qPCR (quantitative PCR)’ın temelinde iyi bir primer dizaynının yattığını söylemek yanlış olmaz sanırım.
Moleküler Dinamik Simülasyon Nedir ? Moleküler dinamik (MD) simülasyonları, kabaca tabir etmek gerekirse, temeli klasik mekanik olarak da adlandırılan Newton’nun hareket kanunlarını kullanarak (Newton’s laws of motion) bir protein veya molekülün atomlarının zamana göre hareketini tahmin eder. Gününümüzde çok sıklıkla başvurulan bir yöntem olmasına rağmen geçmişi 1950’lere kadar dayanıyor. 1950’lerin sonunda, B. J. Alder and
Aşağıdaki figürdeki gibi basit bir hücre düşünün: A metaboliti hücreye b1 hızında girebiliyor ve bu metabolit hücre içerisinde sırasıyla v1 ve v2 hızlarında B ve C metabolitlerine dönüşebiliyor. Aynı anda C metaboliti v3 hızında A’ya geri dönüşebiliyor. Tabii bütün bu dengeyi enzim kinetiklerini hesaba katmadan ve kütle dengesinin sağlandığını varsayarak kurmalıyız (bu cümle yazının devamında
Renklerin İfade Etmek İstedikleri Veri görselleştirme, verinin kendisi kadar önemli bir alan. Bilgiyi alıcıya aktaracak olan bu görseller. Kaldı ki bizler gibi büyük veri (big data & meta data) ve birçok disiplini bir araya toplayan disiplinlerarası (interdisciplinary) çağında yaşayan bilim insanları için, “araştırma hikayesini” anlatabilmenin en önemli yollarından biri de bu görsel sunum şölenleri olan
minik RNAlar (mikroRNAlar/miRNAs/microRNAs) gen kodlamayan küçük RNAlar grubunda bir aileye ait. 20-25 nükleotid uzunluğunda epey kısa diziler/sekanslar...
Herkese merhabalar! Merak edenler için Life Science Zurich Graduate School‘a başvuru ve mülakat sürecini anlatacağım. Öncelikle, lütfen yazdıklarımı genel geçer kurallar olarak değil, sadece kişisel deneyim olarak görünüz ve programın websitesini inceleyerek en doğru ve güncel bilgilere ulaşınız 🙂 Program ile alakalı tüm bilgilere şuradan ulaşabilirsiniz: https://www.lifescience-graduateschool.uzh.ch/en.html. Burada bahsedeceğim bilgilerin birçoğuna ve belki daha fazlasına linkin
Webinar videolarımıza altyazı ekleyerek ve hazırladığımız içerikleri Türkçeye çevirerek daha geniş bir kitleye ulaşmamıza ve daha faydalı olmamıza katkıda bulunmak ister misiniz? Gelin çeviri ekibimize katılın, tüm Türkiye Hesaplamalı Biyoloji Camiası için faydalı bir iş yaparken aynı zamanda hem kendimizi hem de CVmizi geliştirelim! Aradığımız tek özellik İngilizce ve Türkçeye iyi derecede hakim ve hesaplamalı
Başlık: What ancient and modern DNA tells us about our human past? Sunucu: Dr. Stephan Schiffels from Max Planck Institute for the Science of Human History Tarih: 12 Aralık, 2018 Dil: İngilizce Özet: İnsan geçmişimiz, popülasyon büyüklüğündeki değişiklikler, karışım olayları ve göç kalıpları yoluyla genomlarımızda izler bırakıyor. Bu nedenle, genetik analizler aracılığıyla, insanlık tarihini genomlarımızdan okuyabiliyoruz;
2019 yılı hızla yaklaşırken, 2018 yılında neler yaptık kısaca özetlemek istedik! Bu yıl, etkinliklerimizin hız kazanmasıyla aktif üye grubumuzda ciddi bir...
Bu sene ISCB-SC-RSG Türkiye grubu olarak 5.sini gerçekleştirdiğimiz öğrenci sempozyumumuzun detaylarını sizinle paylaşmaktan mutluluk duyuyoruz! Öğrenci sempozyumumuz 25-27 Ekim tarihleri arasında gerçekleşen HIBIT 2018’in 3.gününde Falez Uygulama Oteli’nde harika bir katılımla gerçekleşti. Öğrenci sempozyumu düzenlerken başlıca hedeflerimiz yüksek lisans ve doktora öğrencileri ile akademisyenleri bir araya getirmek, kariyer tercihlerimiz hakkında konuşmak, öğrenmek ve bildiklerimizi aktarmak ve
Başlık: Cancer Biomarkers Using Integrative Single Cell and Bulk Sequencing Sunucu: Akdeş Sevim Harmancı Tarih: 23 Ekim, 2018 Dil: İngilizce Özet: Kanser genomik ve epigenomik değişikliklerin bir hastalığıdır. Tek nükleotid değişiklikleri, kopya sayısı varyasyonları (CNV), kromozomal yeniden düzenlemeler ve DNA metilasyonundaki modifikasyonlar birlikte bir tümör oluşumunu tetikler. Kanser araştırmalarındaki bütünleştirici ‘omik’ yaklaşımlar, tümör biyolojisinin daha
Başlık: Solid Tümör Kanserlerinin Genomik Profilinin Çıkarılması İçin FoundationOne® Testi Sunucu: Dr. Abdullah Karaman, University Hospital Zurich Tarih: 5 Ekim, 2018 Dil: İngilizce Özet: Kapsamlı genomik tümör profili oluşturma, modern kanser teşhisi ve tedavisinde hassas tıbbın temelidir. Kanser genomlarının profilini çıkarma ve bireysel tümörlerdeki sürücü mutasyonları belirleme olanağı, onkologların kanseri teşhis etme, tedavilere karar verme ve
Başlık: Büyük Ölçekli Biyolojik Verilerin Derin Öğrenme Yaklaşımlarıyla Hesaplamalı Analizi ve Entegrasyonu Sunucu: Dr. Tunca Doğan, EMBI – EBI & METU Tarih: 2 Ağustos, 2018 Dil: İngilizce Özet: Kamu sunucularında biriken büyük ölçekli ve gürültülü biyolojik/biyomedikal verileri anlamlandırmak için makine öğrenimi ve veri madenciliği teknikleri sıklıkla kullanılmaktadır.Bu çabanın kilit konularından biri, proteinlerin işlevleri ve etkileşimleri gibi özelliklerinin tahmin edilmesidir.
Temmuz ayında gerçekleştirdiğimiz webinar; Lozan Üniversitesi, Hesaplamalı Biyoloji Departmanından Tuğçe Bilgin Sonay tarafından verildi. Bu oturumda Tuğçe, kendi çalışmalarının yanı sıra dünyada bu alanda nasıl çalışmalar yapıldığı hakkında bilgi verdi. Konuşmanın başında kısa tekrar dizilerine (KAT) nasıl bakıldığı, KAT’ların fenotip, gen ifadesi, epigenetik üzerine etkileri hakkında genel bir giriş yaptı. Konuşmanın odak noktaları ise: (1)
We are ready for our next event: Student Symposium 2018. Our event will be a satellite to HIBIT’18 and will take place in Antalya, a lovely city in Turkey. Check the details and register for free! Looking forward to seeing you all in Antalya! Sıradaki etkinliğimiz için hazırız: 2018 Öğrenci Sempozyumu. HIBIT’18e uydu olarak düzenlenen bu etkinliğimiz
Başlık: Koruma ve biyolojik çeşitlilikteki sorunların üstesinden gelmek için evrimsel bir genomik sistem Sunucu: Yrd. Doç. İsmail K. Sağlam, Hacettepe University Tarih: 16 Nisan, 2018 Dil: İngilizce Özet: Günümüzde koruma biyolojisi alanı bilimsel çabaların ön saflarına çıkmıştır; yalnızca koruma biliminin koruma uygulamalarına başarılı bir şekilde aktarılmasıyla ekosistemlerimizin sürdürülebilirliğine ve refahına yönelik tehditlerle mücadele etmeyi umabiliriz. Biyoloji
Follow here for English! Ogrenci Webinarlari Bilginizi ve deneyiminizi paylasmak mi istiyorsunuz? Artik projenizi, tezlerinizi ve belirli bir alandaki uzman bilgi birikiminizi webinarlarimiz araciligi ile paylasabilirsiniz! Formu doldurun ve ozet gonderiminiz bilimsel komitemiz tarafindan incelendikten sonra sizinle iletisime gecip gerekli ayarlamalari yapalim! Ozet Cagrisi – Ogrenci Sunumlari Gelecek webinarlarimiz icin davet edilmek uzere arastirmacilar onerin! Calismalariniza
Yilin ilk ogrenci sunumu, 12 Mart 2018 tarihinde, doktora ogrencisi Melike Donertas tarafindan yapildi. Her canlinin tecrube ettigi biyolojik bir surec olan yaslanmanin konusuldugu ”Yaslanmayi hedef alan gen ekspresyon temelli ilac repozisyonu” isimli sunuma, dinleyiciler de sorulariyla eslik etti. Melike, bir bucuk saatlik sunum boyunca, kendi calismasinin metodolojisinin yani sira simdiye kadar yaslanma ile ilgili
12 Mart’ta gerçekleştirilen bu yılın ilk öğrenci webinarını Melike Dönertaş sundu. Kaçınılmaz biyolojik süreçlerden biri olarak yaşlanma, “Yaşlanmayı Hedeflemek İçin Gen İfadesine Dayalı İlaçların Yeniden Kullanılması” başlıklı sunumun odak noktasıydı. Neredeyse iki saat boyunca Melike, yalnızca ilacın yeniden kullanılmasına yönelik çalışmanın metodolojisini değil, aynı zamanda şimdiye kadarki yaşlanma çalışmalarına genel bir bakışı da sundu.
7-9 Şubat 2018 tarihleri arasında Biyogen, EkoEvo ve RSG Türkiye’nin ortak olarak düzenlediği ‘R ile Populasyon Genetiği Simülasyonlarına Giriş’ kursu ODTÜ...
Takvimde bir yili daha geride birakmisken, gectigimiz yil neler yaptik, bu yil icin planlarimiz neler sizlerle paylasmak istedik! 2017’de neler yaptik? 2017 disardan durgun gozukmus olsa da RSG Turkiye’de ciddi adimlarin atildigi, gelismelerin oldugu bir yildi. Aramiza bir cok yeni arkadas katildi. Turkiye’de hesaplamali biyoloji camiasinin buyumesine birebir tanik oluyor, ve bundan cok da guzel
Takvimde bir yili daha geride birakmisken, gectigimiz yil neler yaptik, bu yil icin planlarimiz neler sizlerle paylasmak istedik!
Başlık: Biyomoleküler Komplekslerin Bütünleştirici Modellemesi Sunucu: Doç. Dr. Ezgi Karaca, Dokuz Eylül Üniversitesi Tarih: 31 Ocak, 2018 Dil: İngilizce Özet: Yaşam, biyomoleküllerin orkestrasyonlu iletişimi yoluyla nanometre ölçeğinde işletilmektedir. Bu nano dünyayı inceleyerek, biyolojik makromoleküllerin nasıl işlediğine, hastalıklarla bağlantılı yollarla nasıl ilişkili olduklarına ve bunları hedefleyen ilaçların nasıl tasarlanacağına dair temel bir anlayış edinebiliriz. Bu anlayış, biyomoleküllerin
Bir baska eglenceli RSG Turkiye etkinligini arkada birakirken, yeni arkadaslarimizla tanismanin ve gelecekte guzel isler yapabilme ihtimallerinin dogmasinin...
Dr. Can’ın (ODTÜ, Ankara – Türkiye) konuşmasının ardından sıradaki konuğumuz Almanya Berlin Robert Koch Enstitüsü’ndendi. Dr. Bernhard Y Renard, Berlin, Almanya’daki Alman bulaşıcı hastalıklar ulusal enstitüsü olan Robert Koch Enstitüsü’nde biyoenformatik araştırma grubuna başkanlık etmektedir ve Freie Universität Berlin’de matematik ve bilgisayar bilimleri bölümünde yardımcı kıdemli öğretim görevlisidir (Privatdozent). Dr. Renard’ın konuşması tür düzeyinde hesaplamalı
Aramanızla eşleşen yazı bulunamadı.
