Webinar Hakkında
Sunucu
Doç. Dr. Niranjan Nagarajan
Dr. Nagarajan, Singapur Genom Enstitüsü’nde Direktör Yardımcısı ve Kıdemli Grup Lideri olup, Singapur Ulusal Üniversitesi Tıp Bölümü ve Bilgisayar Bilimleri Bölümünde Doçenttir. Araştırmaları, son teknoloji genom analitik araçları geliştirmeye ve bunları mikrobiyal toplulukların insan sağlığındaki rolünü incelemek için kullanmaya odaklanıyor. Ekibi, özellikle çeşitli hastalık koşullarında konakçı-mikrobiyom-patojen etkileşimlerini anlamak için sistem biyolojisi yaklaşımını kullanarak genetik, bilgisayar bilimi ve mikrobiyolojinin arayüzünde araştırmalar yürütmektedir.
Özet
Çeşitli mikrobiyal toplulukların yapısı ve işlevi, tanımlanmamış ekolojik etkileşimler tarafından desteklenmektedir. Mikrobiyomları incelemek için yeni nesil dizilemenin hızlı bir şekilde benimsenmesiyle, bolluk korelasyonlarına dayalı mikrobiyal etkileşimlerin veriye dayalı çıkarımı yaygın olarak kullanılmaktadır, ancak ekolojik yorumların mümkün olmama dezavantajı vardır. Ekolojik bir modele (genelleştirilmiş Lotka-Volterra) dayalı etkileşim ağlarını çıkarmak için kesitsel veri kümelerine uygulanabilecek bir beklenti maksimizasyon algoritması (BEEM-Static) sunuyoruz. Son teknoloji ürünü 10 korelasyon bazlı yöntemle karşılaştırma, BEEM-Static’in göreceli bolluk verileriyle bile (AUC-ROC > 0,85) ekolojik etkileşimlerin varlığını ve yönünü çıkarabildiğini gösterdi. BEEM-Static’in insan bağırsağı mikrobiyomlarından oluşan geniş bir halka açık veri kümesine (n = 4.617) uygulanması, ekolojik enterotipleri daha iyi yansıtan çoklu kararlı dengeyi tanımladı.
Tarih: 13 Nisan, 2021 – 10:00 AM (GMT+3)
Dil: İngilizce